После действия вирусов на флешках (съёмных носителях) такое чаще происходит, файлы или папки помечаются атрибутом скрытый и их не возможно увидеть либо переместить, а снять атрибут скрытый стандартными средствами не получается, тогда на помощь приходит командная строка

Запускаем CMD командную строку (команда «выполнить»  ввести cmd).

В cmd нам сначала нужной войти на диск, на котором находятся скрытые файлы или папки. Если у вас диск D то пишем D:

После того как перешли на необходимый нам диск наберите команду: attrib -s -h -r -a /s /d